根据沙依巴克区民政局机构职责，沙依巴克区民政局设7个内设机构。

一、机关办公室。贯彻执行国家、自治区和乌鲁木齐市有关民政工作的方针、政策和法律、法规；拟订民政事业发展规划，并组织实施。

二、财务室。负责记账、算账、报账工作，执行现金管理制度，做好本单位职工医疗保险、住房公积金及调资工作。

三、救助管理站。负责组织本区的赈灾救济工作，并登记、接收、管理、分配、上缴救灾款物，安排灾区群众生活，指导灾区开展生产自救工作。

四、社会救助办。拟订社会救助规划、政策和标准，健全城乡社会救助体系；指导特困群体供养工作；指导城乡最低生活保障、困难群体专项救助、临时救助相关工作；负责城乡低收入家庭经济状况的认定工作。

五、地名办。负责本区行政区划和地名管理，协助解决本行政区域的边界纠纷，承办本区地名的命名、更名、申报和界线变更的申报工作。

六、社会组织办。承担权限内社会团体和民办非企业登记管理工作；参与指导社会组织党建工作。

七、婚姻办。负责本区婚姻登记管理工作；依法指导妇女儿童权益保护工作；积极倡导婚姻习俗改革。